Pokyny D a další informace pro veřejnost

Metodický pokyn navazuje na metodický pokyn ke lhůtám a vysvětluje pojmy nesrovnalost, okamžik vzniku nesrovnalosti, pokračující nebo opakovaná nesrovnalost, okamžik skončení pokračující nebo opakované nesrovnalosti, víceletý program, definitivní ukončení víceletého programu a úkon příslušného orgánu, které jsou upravené nařízením o ochraně finančních zájmů, v kontextu správy odvodů za porušení rozpočtové kázně. Vysvětlení těchto pojmů vychází z dosavadních poznatků, přičemž nelze vyloučit, že s ohledem na judikaturu soudů bude v budoucnu dále upřesňováno.

Metodická informace vychází z Metodického pokynu ke lhůtě pro zahájení daňového řízení a vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně, č. j. 31891/26/7700-60501-402026 ze dne 1. 4. 2026, a podrobněji upravuje aplikační praxi ohledně počátku běhu prekluzivních lhůt u pochybení vzniklých před přiznáním dotace.

Metodický pokyn upravuje přechod daňové povinnosti při úmrtí příjemce prostředků v rámci správy odvodů za porušení rozpočtové kázně v případech, kdy právní akt o poskytnutí prostředků samostatně přechod práv a povinností při úmrtí příjemce neřeší. Jednotlivé právní předpisy upravující poskytování prostředků v současnosti (a již vůbec v běžně kontrolované minulosti) problematiku přechodu práv a povinností při úmrtí příjemce taktéž neřeší. V ostatním je nutné postupovat dle Metodického pokynu k přechodu daňové povinnosti u FO po 1. 1. 2024.

Metodický pokyn upravuje lhůtu pro zahájení daňového řízení a pro vyměření odvodu za porušení rozpočtové kázně (dále jen „odvod za PRK“) a k němu příslušného penále u příjemců dotací, jimž byla poskytnuta dotace ze státního rozpočtu, státních finančních aktiv, Národního fondu a státních fondů a u organizačních složek státu realizujících projekt z prostředků státního rozpočtu včetně evropského spolufinancování.

Dokument shrnuje změny v evidenci údajů o dotacích a dalších transferech od 1. 1. 2026. Popisuje zrušení Centrální evidence dotací (IS ReD), převedení agendy na Ministerstvo financí a budoucí zveřejňování dat v portálu státní pokladny. Uvádí také přechodná pravidla a plánovanou účinnost navazujících vyhlášek.

Metodická informace reaguje na výklad ve věci použití § 14f rozpočtových pravidel poskytovateli, kteří poskytují účelové určené prostředky (podpory) podle zákona o podpoře vědy, experimentálního vývoje a inovací (dále též jen „poskytovatel“) a upravuje postup správce daně v případě, že poskytovatel povinnost vydat výzvu dle § 14f rozpočtových pravidel nesplní.

Metodický pokyn k problematice stanovení náležitostí či podmínek pro použití prostředků organizační složce státu realizující projekt a k problematice postupů daných rozpočtovými pravidly, které je možno použít ve vztahu k organizační složce státu realizující projekt.