Finanční správa se ne zcela ztotožňuje s kontrolními závěry NKÚ. Instituty pro boj s daňovými úniky, které byly postupně zavedeny do zákona o DPH, v praxi dobře fungují. I s přispěním těchto opatření - zveřejnění čísel bankovních účtů plátců, režim přenesení daňové povinnosti, ručení příjemce zdanitelného plnění, institut nespolehlivého plátce, zvláštní způsob zajištění daně a zajištění úhrady na nesplatnou a dosud nestanovenou daň - stouplo mezi lety 2010 a 2014 inkaso daně z přidané hodnoty o 53,2 mld. Kč. Řada z nich působí hlavně preventivně, rozbíjí podvodné řetězce a vytlačuje je z území ČR.